As 20 equipes são divididas em cinco grupos de quatro equipes, que se enfrentam dentro da chave em dois turnos. O primeiro colocado de cada grupo e os três melhores na segunda posição se classificam para as quartas de final. Dos cinco clubes que terminaram em primeiro lugar em seus grupos na Primeira Fase, o clube de pior campanha comporá o Bloco II, juntamente com os três clubes que avançaram à Segunda Fase como segundos colocados nos seus grupos. Em caso de igualdade na pontuação, são critérios de desempate: 1) mais vitórias; 2) melhor saldo de gols; 3) mais gols pró; 4) confronto direto; 5) menos cartões vermelhos; 6) menos cartões amarelos; 7) sorteio. Quartas, semifinal e final são disputadas no sistema mata-mata com jogos de ida e volta. O campeão assegura vaga na Copa Sul-Americana 2016. Em caso de igualdade de pontos após os dois jogos do mata-mata, são critérios de desempate: 1) melhor saldo de gols; 2) mais gols no campo adversário; 3) disputa de pênaltis.